El Inca dispersó a su gente en distintas direcciones y huyó buscando refugio en la selva amazónica. Declinaba el imperio del Sol y la luna Mama Quilla les ayudó a ocultarse con un eclipse que se produjo el 26 de junio de 1572, dos días después de la caída de Vilcabamba la Grande.

Martín García Oñaz de Loyola en carta al rey en 1576 relató que junto con su compañía persiguió al Inca “hasta llegar al pueblo de panquies con grande trabajo por la grandeza de las montañas donde prendí dos hermanos del Inga Topa Amaro y mujer suya y quatro sobrinos y al capitán Cuxi Paucar” y desde allí llegó al “embarcadero de los Guambos” donde encontró a diez indios de los cuales apresó a ocho, por quienes supo que Tupac Amaru estaba en el “valle de Momori” donde se sentía seguro creyendo “que no era posible prenderle por la fragosidad de tierra y ríos”.

Sabiendo que los indios huidos iban a alertar al Inca, ordenó que hicieran cinco balsas y con algunos soldados navegaron río abajo sufriendo varios naufragios en los cuales salvaron “a veces la vida a nado” y perdieron provisiones pese a lo cual siguieron su persecución “caminando a pie y descalzos e sin comida”. Y consiguieron apresar al Inca “con todos sus indios que llevaba con su gobernador y los demás capitanes mujeres e hijos”.

No se conoce el lugar exacto de la captura de Tupac Amaru, que según diversos testimonios fue junto al río Picha, afluente del Vilcanota.

Cita del libro “De Machu Picchu a Hatun Vilcabamba” de Santiago del Valle Chousa. Pg.104