El gobernador Vaca de Castro había intentado negociar con el Inca pero los contactos se suspendieron en 1543 al estallar la rebelión acaudillada por Gonzalo Pizarro. Para aprovechar la guerra entre españoles Manco y estaba preparando un nuevo ataque a Cusco cuando fue víctima de siete almagristas fugitivos que habían huido a Vilcabamba, donde el Inca les acogió como amigos con quienes compartía algunos juegos. A comienzos de 1545, mientras jugaban al herrón en Vitcos le atacaron por sorpresa y lo asesinaron con puñales que llevaban ocultos. No les bastó con matar a su protector, intentaron también matar a su hijo, Tito Cusi, quien venticinco años después, siendo ya el tercer Inca de Vilcabamba, recordó la terrible escena en la crónica que dictó a fray Marcos:
–”E como yo era pequeño y vi a mi padre tratar de aquella manera, quise ir allá a guarecerle, y volviéndose contra mí muy enojados, arrojándome un bote de lanza con la mesma lanza de mi padre, que a la sazón allí estaba, que erraron poco que no me mataron a mí también” (1)

Los asesinos fueron capturados y sus cabezas quedaron expuestas durante años. El Inca murió a los tres días, le sucedió su primogénito, Sayri Tupac, con diez años, bajo la regencia de su tío Atoq Supa.

(1) Titu Cusi Yupanqui: Instrucción al Lic. Lope García de Castro(1570). PUCP. Lima 1992.

Cita del libro “De Machu Picchu a Hatun Vilcabamba” de Santiago del Valle Chousa. Pg.91